Degpred
泛素-蛋白酶体系统负责降解细胞内超过80%的蛋白，该系统的关键酶为E3泛素连接酶，人体内表达的600余种E3结合不同底物蛋白，从而实现降解过程的特异性。底物上的E3识别位点被称为degron，degron是长度5-8个氨基酸的短肽，通过disorder-to-order转换的方式与E3结合，进而使得底物被泛素化并被降解。作者通过迁移学习预测蛋白底物上的degron，并基于计算得到的E3 motif匹配每个degron，从而推测degron受到哪些E3调控。
PhaSePred
相分离（phase separation, PS）是调控生物大分子（如蛋白质，核酸）在细胞中区室化分布的重要机制之一。根据参与相分离过程的不同机制可以将相分离蛋白划分为两类：一类能够自发组装形成相分离凝聚体（self-assembly）； 另一类则依赖与其他生物大分子的相互作用发生相分离（partner-dependent）。目前已有相分离蛋白预测工具能较好预测自组装相分离蛋白（PS-Self），但在预测互作依赖相分离蛋白（PS-Part）时表现欠佳。 鉴于此，课题组基于此前发表的相分离蛋白数据库PhaSepDB，将相分离蛋白分为自发相分离蛋白（hSaPS）与互作依赖相分离蛋白两类集两类（hPdPS），并进行了分别预测。
MloDisDB
MloDisDB是一个无膜细胞器及相分离相关疾病的数据库，通过人工阅读筛选相关文献，提供有实验支持的相分离和无膜细胞器相关疾病，并且基于原始文献对每一个条目进行了详细的注释，包括蛋白质的突变及修饰、无膜细胞器的异常变化等信息。
PhaSepDB
PhaSepDB是一个相分离相关蛋白质的数据库，通过人工阅读筛选相关文献，提供有实验支持的相分离蛋白和无膜细胞器相关蛋白质列表，并且基于原始文献对蛋白质进行了详细的注释，包括相分离的调控、partner等信息。
ASEB
ASEB是一款人类乙酰化修饰底物位点在线预测工具，支持多种乙酰化酶和去乙酰化酶的底物在线预测，具有完整的软件工具包，供科研人员免费使用。软件提供两种预测方法：（1）一种是仅依据蛋白质序列信息，基于富集分析的思想进行预测；（2）另一种是依据蛋白质序列及功能信息，基于机器学习工具及统计学分析手段进行分析和预测。详细信息请点击下方链接查看。
PTM-X
PTM-X是一款在线预测翻译后修饰位点间关系的工具。在机体的生命活动中，许多蛋白质内的翻译后修饰位点间(蛋白内和蛋白间)的关系并不是独立的，它们之间相互联系，共同行使它们的功能，我们将这种关系称之为PTM Cross-talk。PTM-X不但能预测蛋白内的位点交互作用，而且可以预测位点间的交互作用。详细信息请点击下方链接查看。
lncpro
lncpro是一款对长非编码RNA(lnc-RNA)和蛋白质交互作用关系进行预测的在线软件，其基于矩阵打分的策略，将RNA和蛋白质序列编码成向量输入，矩阵便会对每一RNA-蛋白质对进行打分。 经验证，此方法能够有效预测给定复合物内RNA和蛋白质的交互作用情况。详细信息请点击下方链接查看。
ptpset
ptpset是一款人类磷酸酶底物预测软件，预测方法基于K-最近邻算法设计，利用蛋白序列信息进行预测。目前，该软件可进行PTP1B、SHP-1和SHP-2三种磷酸酶底物的预测，支持两种不同的预测阈值（低阈值和高阈值）设置。详细信息请点击下方链接查看。
hUbiquitome
hUbiquitome是一款有实验数据支撑的人类泛素化酶与修饰底物关系数据库。这是第一款综合性的人类泛素化通路蛋白和泛素化修饰序列数据库，科研人员可免费下载使用。详细信息请点击下方链接查看。
phospho
phospho是一款包含人类多种磷酸化激酶底物预测数据的数据库。数据库内的磷酸化修饰位点数据是我们通过整合蛋白质的功能结构域、蛋白亚细胞定位、蛋白-蛋白交互作用等功能信息，以及蛋白质的序列信息进行预测得到，共包含Cyclin-dependent kinases, Casein kinase 2, Glycogen synthase kinase 3, Mitogen-activated protein kinases, protein kinase A 和 protein kinase C families，6种激酶的底物数据。研究人员可免费下载使用。详细信息请点击下方链接查看。
